Po wydarzeniach z pierwszego sezonu Louise i Saito wracają do Akademii Magii, ale ich relacja wcale nie staje się prostsza. Gdy Henrietta zostaje królową, Tristain wchodzi w jeszcze bardziej niebezpieczną fazę konfliktu z Albionem, a Louise jako „Zero” trafia na serię tajnych misji, które szybko przeradzają się w polityczne intrygi, porwania i otwartą wojnę. Saito, wciąż będąc chowańcem Louise, odkrywa, że jego obecność w tym świecie ma znaczenie większe, niż ktokolwiek przypuszczał.